Mención especial merece el tema de las diversas sedes por las que ha transitado la Hermandad y su Titular. Así pues, como ya se apuntó anteriormente, la Imagen del Santo Crucifijo se realiza para la Iglesia del Convento de Padres Agustinos Calzados; en la mencionada Iglesia se funda la Hermandad y obtiene capilla y altar propios. El primer cambio de sede acontece en 1810 al ocupar los franceses el Convento de San Agustín, ordenando que la Sagrada Imagen sea retirada de la Iglesia, la cual sufrió grandes destrozos en sus retablos, imágenes y altares. La Hermandad traslada al Santo Crucifijo a la Colegiata del Salvador, que por aquellos entonces se encontraba en lo que hoy es Parroquia de los Santos Justo y Pastor, asignando el Cabildo de la colegiata una capilla a la Hermandad, pero al no disponer ésta de un retablo digno donde colocar la Imagen se solicitó al gobierno que cediera para tal menester algún retablo, proporcionando sin costo alguno, salvo el trasporte, uno del Convento de Padres Carmelitas Descalzos.
Al evacuar en 1812 las tropas francesas la ciudad, la Hermandad decide regresar a su sede primitiva, la cual se encontraba en un lamentable estado al haber sido destinada a panadería y almacén del ejército napoleónico. Se decide entonces hacer las gestiones con los carmelitas para adquirir el retablo que estuvo usando la Hermandad en la Colegiata, llegándose al acuerdo de que la Hermandad abonara a los propietarios la cantidad de «mil y cuatrocientos reales», quedando en propiedad de la misma.
En 1835 se promulga la Ley de Desamortización de Mendizábal por la que se suprimieron las Órdenes Religiosas, y con ello la Orden de San Agustín y su convento en Granada, por ello se trasladó la Sagrada Imagen y su Hermandad, por determinación expresa del Arzobispo a la cercana Iglesia del Convento del Santo Ángel Custodio de Religiosas Clarisas Franciscanas, traslado que se verificaría el 23 de septiembre de 1835. Al año siguiente, al conminar a las religiosas que se agregaran al convento de Capuchinas, la Imagen delCristo de San Agustín pasó a la parroquia de S. José, por petición expresa de su párroco, gran devoto, que luego llegaría a ser arzobispo de Granada: el citado D. Salvador José de Reyes. No más de dos años después volvía, por fin, al convento del Sto. Ángel Custodio.
