Un cambio de mentalidad se observa ya en el siglo XIX, cuando en 1834 se declaró una importante epidemia de cólera en Granada. El 18 de febrero se intentó sacar al Santo Cristo en procesión de rogativas, pero atendiendo a las recomendaciones del gobernador de la Alhambra en cuanto a los inconvenientes de la mencionada procesión, por el gran riesgo de contagio que ocasionaría una gran reunión de personas, ésta no se llevó a cabo.
Sin embargo, siendo general la aclamación de los fieles según acta del 13 de julio de 1834, fue sacado el Santo Cristo en procesión por las calles de Granada.

Posteriormente, con motivo de una nueva epidemia de cólera en 1885, será el propio arzobispo José Moreno y Mazón, quien rechazó una petición espontánea de realizar una procesión de rogativas con  el Santo Cristo de San Agustín por cuanto consideró los efectos que en la difusión de la epidemia producían las aglomeraciones y excitaciones propias de estos actos públicos. En su lugar, aconsejó este tipo de actos solamente en el interior de los templos, optando en su lugar por un triduo de rogativas en la basílica de la Virgen de las Angustias. Posteriormente, el 20 de agosto fue trasladada la imagen de un modo sencillo a la catedral, donde recibió una misa de rogativa diaria hasta que el 18 de octubre se cantó el Te Deum por el definitivo cese de la epidemia y procesionó en acción de gracias.

Sin embargo, sería el propio Moreno y Mazón quien acudió a la imagen a iniciativa propia, en esta ocasión por un motivo de carácter político. En la cuaresma de 1898 se vislumbraba el desastre colonial que conllevó, tras una larga sangría humana y material, la pérdida de las últimas posesiones españolas en América y el Pacífico, símbolo de un nuevo orden mundial en el que la industrialización y el capitalismo alteraron la jerarquía de las naciones alzando en su cumbre a una antigua colonia como Estados Unidos.

En este contexto, el arzobispo de Granada José Moreno y Mazón, senador, antiguo patriarca de las Indias y vicario general castrense, acudió por iniciativa propia al Cristo de San Agustín. Las epidemias dejaron de motivar la presencia en las calles de determinadas imágenes de carácter propiciatorio, pero en 1898 la nueva calamidad por la que estaba pasando la nación, si bien era de muy distinto carácter, no era menos trágica. En este contexto, el arzobispo dispuso solicitar la «suprema piedad de Cristo Crucificado» por medio de solemne rogativa, «en vista de la triste situación porque hoy atraviesa la Nación española», como remedio a tantas calamidades y, singularmente, las derivadas de la guerra de Cuba.

La procesión formó parte de un amplio programa destinado a promover prácticas piadosas como el rezo del Rosario, el Vía Crucis y el quinario de la Pasión, concluyendo con una comunión general que habría de tener lugar el día de la festividad del patriarca San José. Como culminación del quinario catedralicio, a las cuatro de la tarde del 17 de marzo, iniciaba su macha un cortejo compuesto por clérigos y seglares bajo la presidencia de las autoridades civiles, eclesiásticas y militares, portando la imagen del Sagrado Protector con destino a la basílica de Nuestra Señora de las Angustias, donde solían acabar las procesiones generales de rogativas organizadas por mandato episcopal. El pueblo granadino arropó el acto, ostentándose en los balcones de todo el trayecto «vistosos grupos de flores, lazos, etc., y entre ellos nuestras bellísimas paisanas». No en vano, y a pesar de la motivación piadosa del acto, la procesión desbordó las secciones religiosas de la prensa local para entrar en las crónicas sociales ya que, como afirmó el por entonces jovencísimo escritor Melchor Almagro San Martín, «aparte de tener sus altos fines y sus consoladoras enseñanzas, resulta un espectáculo hermosísimo, aun considerándolo sólo bajo el aspecto estético».